这次《火影忍者：木叶的忍者英雄们 3》故事背景设定在第一部终章，游戏中的角色比前作的 30 人大幅增加，并各自具备独特的忍术与奥义，连实力超强的“音之五人众”也会在游戏中登场。究竟鸣人能不能在争夺到水晶完成上忍测验？就看玩家的实力啰！

◆全新系统“相杀胜负”

　　这次本作新加入系统，当敌我双方发动的忍术互相碰撞时，就会形成“相杀”的局面，届时于画面正下方会出现能力计数器，双方要不断连打按钮，计数较多的一方优胜，可以继续发动忍术进行攻击，负方则会完全遭受对方忍术攻击的伤害。

◆状态变化 究极忍术发威

　　如前作一样，特定的角色如鸣人、佐助等使出了究极忍术后，便会于一定时间内进入特殊状态，拥有超人的动作和体能，成为难缠的强敌。至于在本作中拥有第 2 种型态的“音之五人众”、醉拳李洛克、吃了秘药后变成激瘦版的“超长治”，也是他们的状态变化之一。